Pravděpodobně málokdo tuší, že první podpovrchovou závlahu používali Číňané již před více než 2 000 lety. Ti pod zem zakopávali hliněné nádoby naplněné vodou, která pomalu prosakovala z nádoby a tím zavlažovala kořeny rostlin.
Podpovrchová závlaha tak, jak ji známe dnes, však byla vyvinuta mnohem později, a to až na přelomu padesátých a šedesátých let v USA a Izraeli. V šedesátých letech se začaly pro účely podpovrchové závlahy používat hadice vyrobené z polyethylenu (PE) nebo polyvinylchloridu (PVC) s jednoduchými vyraženými otvory či primitivními kapkovači vsazeními do hadic. Tyto závlahové systémy dokázaly za předpokladu dobré kvality vody, resp. filtračního systému, pracovat s nízkým tlakem vody, což byla kromě značné úspory vody ve srovnání s běžnými zavlažovacími metodami největší výhoda.
V sedmdesátých letech se podpovrchový způsob zavlažování začal čím dál více rozšiřovat. S ohledem na relativně vysoké pořizovací a udržovací náklady se ale používal zejména k zavlažování hodnotnějších plodin jako například citrusů, cukrové třtiny, ananasu, ořechů, bavlny či avokáda. V počátcích však trpěla podpovrchová závlaha celou řadou neduhů. Především nezajišťovala rovnoměrnou aplikaci vody a docházelo k ucpávání otvorů částicemi půdy a kořeny rostlin. I přesto však zájem o tento způsob závlahy rostl. Byly vyvinuty technologie pro jejich snadnou instalaci zejména na pole a také pro aplikaci hnojiv pomocí samotných kapkovačů.
V osmdesátých letech došlo dále k vyřešení problémů s vyrovnáváním tlaku v jednotlivých kapkovačích a s jejich ucpáváním částicemi půdy. Tím významným způsobem narostla životnost podpovrchové závlahy i na více než dvacet let. Vzhledem k tomu, že cena kapkovacích hadic začala klesat, obliba tohoto způsobu závlahy pro její nesporné výhody nadále rostla. Podpovrchová závlaha se tak začala využívat i pro méně hodnotné plodiny a trávníky, a to zejména v oblastech s omezenými zdroji vody.
V průběhu let totiž výrobci z velké části vyřešili problémy se zarůstáním kapkovačů kořeny rostlin. Hlavním důvodem je ale zejména stále větší potřeba používat řešení, které jsou co nejméně náročná na spotřebu vody, kdy podpovrchová závlaha dokáže proti konvenčním řešení uspořit kolem 70 % vody. Je proto téměř jisté, že budoucnost patří právě podpovrchové závlaze.